陆委会副主委梁文杰12日在立法院内政委员会针对「反渗透法」，一句「判决无罪不代表真的无罪」引起不小的争议，国民党立法院党团也抨击梁文杰只差没说出：「党说你有罪，你就有罪」，就此深夜梁文杰再度回应称，司法机关必须依法侦办和依法审判，以致该法通过以来的起诉率和定罪率不高，并非国民党团所说的情况。
陆委会12日深夜11时许，提供给媒体一份说明，针对国民党团的抨击，做出如上回应。
梁文杰表示，要构成「反渗透法」的罪行，必须证明嫌疑人的行为是受到中共机关或其派遣人员的指示而所为，但因为中共往往用各种方式隐蔽人员身份和资金来源，所以当我方困难掌握证据时，司法机关经常难以起诉或判决有罪。这正是侦办这类案件的最大难题，「国家安全法」也是类似的情况。
梁文杰指出，「反渗透法」通过以来的起诉率和定罪率不高，正是因为司法机关必须依法侦办和依法审判，没办法像国民党所称「民进党说你有罪你就有罪」。
他强调，当此中共声称要制裁侦办「反渗透法」和「国家安全法」的司法人员之时，各个政党都应该做司法人员的后盾，共同修法让「反渗透法」和「国家安全法」更为完备，更有效抵抗中共各种渗透手法。
根据陆委会提交给立法院内政委员会的报告，陆委会表示，认同补强现行民主防卫机制之必要性，也乐见各位委员提出草案进行审查讨论，以厘清规范界限并凝聚共识，确保修法完成后之可行性，进一步强化我国家安全。
陆委会提到，该会支持强化对于「拟参选人」等类型人员之管制措施，此举能有效阻断境外势力于初期布建，防止其通过代理人介入我国政党运作或公共议题讨论，维护民主体制之自主性。另公民投票与罢免权是宪法保障之直接民权，该会认同应扩大限制相关人员受托参与提案，以补强法律死角，防止我国政策决定权受外力操纵。
陆委会强调，目前「反渗透法」已有针对捐赠政治献金、选举、游说等行为进行规范，惟鉴于中共在台渗透的态样多元，型态及手段亦不断出新，现行规范似不足以充分因应渗透行为所致生之危害。该会乐见有立委所提有关加重刑事责任之提案。另有立委提案创建「灰色地带行为人」之主动申报义务，该会予以尊重，并建议可借镜其他民主国家立法例（如美国、澳洲或法国）完善相关法制。
