前总统马英九被控任国民党主席期间贱卖三中和旧中央党部大楼，造成国民党损害72.9亿元(台币，下同，约2.3亿美元)，台北地检署依违反证交法等罪嫌起诉马等人，一、二审均判决马英九无罪；而三中案是马英九继特别费、泄密案被判无罪确定后，第三件被起诉获判无罪（尚未确定）的案子。
马英九2016年卸任总统后，官司缠身，细数马英九被控案件多，重大弊案包括特别费案、泄密案、富邦并购北银案、大巨蛋图利案、国发院土地案等。
2006年国务机要费案后，检调调查各首长特别费案，引爆告发潮，有两百多位蓝、绿首长身陷司法风暴，办案人员曾以「血流成河」来比喻这场一发不可收始的恐怖氛围，其中马英九特别费案最受瞩目。马英九被起诉担任台北市长时公费徇私报销，马宣布辞去党主席，2011年立法院通过特别费除罪化。
特别费案审判时，马英九用「大水库」理论辩捐款大于收入，力争无罪，最高法院2008年4月24日判马英九无罪确定，仅部属余文被依伪造文书罪判刑一年定谳。另马英九被控以特别费报支、核销爱犬「马小九」动检所留置费、健康检查、住院医疗及其他代购品费用共9900元，检方处分不起诉。
马英九2017年被台北地检署起诉违反公务员泄漏中华民国国防以外秘密罪嫌、通信保障及监察法和个人数据保护法，一审以马行使总统的「权限争议处理权」判决无罪，但二审以马并未召集相关立院人员会商，没行使调解权，逆转依违反通保法判他4月得易科罚金之刑，是马首度被判有罪。
案件经最高法院撤销发回更审，更一审2019年认定检方举证不足，马未以总统身分主动违法取得资讯，也未违法利用他人个资；法院应落实无罪推定原则，维持一审无罪结果，全案无罪确定。
至于大巨蛋图利案、富邦并购北银案、国发院土地案，检察官多次认定没有证据证明马英九图利，查无不法全案签结。
